КОГЦ выполняет функции онкологического подразделения. Все больные с опухолевыми образованиями печени, желчных путей и поджелудочной железы получают в центре специализированную медицинскую помощь. Ежегодно в КОГЦ получают специализированную стационарную помощь более 1500 больных, специалисты центра осуществляют консультации более 6000 пациентов. В январе 2014 года специалисты Центра провели первую в Кузбассе операцию по трансплантации печени. В 2012 году в Центре появился аппарат альбуминового печеночного диализа «Искусственная печень» MARS — Molecular Adsorbent Recirculation System. Этот аппарат используется в экстремальных ситуациях, при травмах, отравлениях, при тяжелых формах цирроза. Желчнокаменной болезнью страдает большая часть пациентов, находящихся на лечении в КОГЦ. Холецистэктомия в центре выполняется как традиционным методом, так и современным — эндоскопическим. Лапароскопическая холецистэктомия внедрена в повседневную работу в 1994 году. В КОГЦ также выполняется эндохирургическое лечение непаразитарных кист печени — лапароскопическая фенестрация с коагуляцией остаточной полости. Эндоскопическая ретроградная холангиопанкреатография (РХПГ) проводится специалистами с 1986 года. В год проводится около 500 РХПГ. Одним из основных направлений хирургической деятельности КОГЦ являются восстановительные и реконструктивные операции на желчевыводящих путях при осложненных формах желчнокаменной болезни и при их повреждениях (холедоходуоденостомия, трансдуоденальная папиллосфинктеротомия с пластикой, гепатикоеюностомия на выключенной по Ру петле тонкого кишечника). Использование современного шовного материала и прецизионной техники позволило в последние годы отказаться от каркасного метода при формировании билиодигестивного соустья. В центре большое внимание уделяется хирургической панкреатологии. Выполняется большинство из известных операций на поджелудочной железе: радикальные (резекционные) и органосохраняющие (анастомозирование протоковой системы железы и/или постнекротических кист с выключенной петлёй тонкой кишки, изолированная резекция головки поджелудочной железы (операция Бегера, Фрея)).